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視網(wǎng)膜及視網(wǎng)膜色素上皮聯(lián)合性錯構(gòu)的主要病因尚不明確，可能與遺傳和視網(wǎng)膜上皮異型增生有關(guān)。本病常好發(fā)于兒童，目前尚不明確其他誘發(fā)因素。
1、遺傳：盡管目前尚無關(guān)于視網(wǎng)膜及視網(wǎng)膜色素上皮聯(lián)合性錯構(gòu)的基因?qū)W研究報告和家系報道，但研究發(fā)現(xiàn)本病患者常伴有神經(jīng)纖維瘤病體征，基因?qū)W檢查發(fā)現(xiàn)存在與2型神經(jīng)纖維瘤病相關(guān)基因突變，神經(jīng)纖維瘤病為常染色體顯性遺傳病。
2、視網(wǎng)膜上皮異型增生：視網(wǎng)膜上皮在發(fā)育過程中出現(xiàn)異常、錯誤的排列，出現(xiàn)類瘤樣增生。