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生殖道衣原體的感染主要是和淋病以及其它的生殖支原體進行鑒別，對于女性而言，因為沙眼衣原體感染并沒有特別的癥狀，所以鑒別主要是進行病原體的檢測。同時進行沙眼衣原體、淋病，甚至是支原體的檢測，可以通過病原學的診斷進行鑒別，然后再進行對癥處理。

對于男性的生殖道沙眼衣原體感染，70%的患者其實沒有明顯的臨床癥狀，30%左右的患者會出現(xiàn)尿道的漿液性分泌物，或者是伴有尿道刺癢的感覺，為癥狀上的區(qū)別。但如果和生殖道其它病原菌進行鑒別，主要還是依靠實驗室的檢測結果才能夠進行完全的鑒別。