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小兒皰疹性咽峽炎和手足口病的區(qū)別主要是以下幾點：

1、病原學(xué)稍有不同，盡管兩個都是由腸道病毒感染引起，但是小兒皰疹性咽峽炎以柯薩奇病毒病毒為主，而手足口病除了柯薩奇病毒之外，還有腸道病毒71型等20多種腸道病毒。

2、皰疹的分布不同，皰疹性咽峽炎主要分布在口腔咽峽部，而手足口病除了口腔之外還有手、足、臀部、膝關(guān)節(jié)等。

3、病程可能也有一定的差別，嚴(yán)重程度也有所不同，一般的皰疹性咽峽炎病情相對較輕，病程直接大概在1周左右，而手足口病盡管大部分病情都很輕，但是有少部分也非常嚴(yán)重，可能會引起心肺功能衰竭、顱內(nèi)病變，風(fēng)險和預(yù)后都比皰疹性咽峽炎大。