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對于臨床上新生兒高膽汁酸血癥，首先應當進一步完善相關檢查，如肝臟彩超、肝功能以及病毒相關檢查等，明確病因。對于病毒性肝炎，還應當盡量明確具體病毒的類型，采取相應的治療。例如對于巨細胞病毒感染所造成的高膽汁酸血癥，可以考慮給予更昔洛韋進行抗病毒治療。

如果是由于長期靜脈營養(yǎng)所造成的高膽汁酸血癥，應當逐漸減少靜脈營養(yǎng)的用量，采取鼻空腸管滴入腸內(nèi)營養(yǎng)乳劑來逐漸地進行代替。還可以運用利膽減黃的藥物進行處理，根據(jù)患兒情況可應用人血白蛋白、支鏈氨基酸以及還原性谷胱甘肽等來進一步治療高膽汁酸血癥。

而對于臨床上由于先天性膽道閉鎖所造成的高膽汁酸血癥，需到兒童外科就診，可以通過手術來進一步處理以及是否根據(jù)情況判定是否需要進行肝移植。