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臨床上可以根據結膜炎的基本癥狀、體征，以及病原學檢查、細胞學檢查進行結膜炎的判斷，具體分析如下：
一、臨床癥狀和主要體征：有助于結膜炎的鑒別診斷，結膜炎患者的基本體征為結膜充血、分泌物增多、眼瞼腫脹等，其中結膜濾泡、乳頭出現的位置和形態(tài)，是診斷和鑒別的依據。另外，分泌物多少和性質，也可以幫助判斷是何種類型的結膜炎。
二、病原學檢查：結膜炎的基本癥狀有相似之處，但是是何種病因所致的結膜炎，需要進行病原學檢查。結膜分泌物涂片有助于判斷有無細菌感染，必要時可以做細菌、真菌培養(yǎng)，以及藥敏試驗等，還可以應用免疫熒光技術的方法檢測病原體的抗原。