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沙眼衣原體是一類在細胞內寄生的微生物，大小約250-450納米。衣原體不耐熱，在室溫下迅速喪失其傳染性，加溫至50℃，30分鐘即可將其殺死。
但是衣原體耐寒，-70℃以下能存活數(shù)年。四環(huán)素、紅霉素、氯霉素有抑制作用，而鏈霉素、新霉素則無效。
沙眼衣原體是革蘭氏陰性，圓形或卵圓形，含DNA和RNA以及核糖體，具有由黏肽組成的細胞壁，其結構和組成類似于革蘭陰性菌，但細胞壁酸缺少或只含微量，有較復雜、能進行一定代謝活動的酶系統(tǒng)。