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尖銳濕疣主要的病原體是人類乳頭瘤病毒，簡稱是HPV。它是最小的一種DNA病毒，這種病毒的顆粒直徑是50—55nm，它的分子量是50000kD，是由72個(gè)殼微粒組成的立體對稱的正十二面體。它的病毒能夠耐受干燥，可以長期的保存。在肝油中和零下20℃的時(shí)候，至少可以存活2—5個(gè)月。
用現(xiàn)代分子生物學(xué)技術(shù)已經(jīng)可以將HPV鑒別出一百多個(gè)亞型，不同型別的HPV在不同的部位可以產(chǎn)生不同類型的損害，如扁平疣、尋常疣、鮑溫病和尖銳濕疣等。已經(jīng)發(fā)現(xiàn)和尖銳濕疣有關(guān)的型別達(dá)到34個(gè)，最常見的HPV有6型、11型、16型和18型，它們與尖銳濕疣有密切的關(guān)系。
人體是HPV唯一的自然宿主，HPV只能在人體存活的組織細(xì)胞內(nèi)以復(fù)制的方式進(jìn)行繁殖，無法在體外的組織培養(yǎng)或組織細(xì)胞中成長，也不能在試驗(yàn)動(dòng)物中接種成長。HPV除了引起疣狀增生外，還具有致癌性，有許多證據(jù)表明HPV感染和宮頸癌的發(fā)生有密切的關(guān)聯(lián)。