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臨床上在鼻炎的病理診斷中，EBER陽性可以作為鼻咽癌病理的重要診斷方法之一，具有很重要的臨床使用價值，一般認為其擴增陽性是鼻咽癌確診的重要指標，具有特異性，對中分化腺癌、低分化鱗癌，以及濾泡狀細胞癌、未分化癌的表達，其陽性占比很高，有助于鼻咽癌的病理確診。
一般認為其擴張復制可以促進癌細胞的增殖，腫瘤的浸潤生長，所以EBER參與了腫瘤的浸潤和轉移。由于鼻咽癌的位置隱匿，癥狀輕微，有60%的患者以頸部腫塊及淋巴結轉移為首發(fā)癥狀，所以當淋巴結做病理出現(xiàn)EBER陽性時，可以作為鼻咽癌轉移的一種證據(jù)，但是有少數(shù)患者在其他腫瘤中也有EBER弱陽性的表達，因此在對頸部淋巴結轉移癌的病理陽性診斷上，在判斷原發(fā)癌的部位時需要結合臨床癥狀來統(tǒng)一判斷。鼻咽癌旁組織上皮和慢性黏膜上皮中的EBER陽性，其表達分別為32.1%和4.7%，可能是因為鼻咽癌上皮向惡性轉變過程中EBV病毒起了重要的作用。