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先天性巨結腸有部分可以痊愈，有個別的還是不可以痊愈，比如合并小腸結腸炎的病情很嚴重，死亡率還比較高。先天性巨結腸的診斷和治療近年來有很大的進步，患兒若能得到早期診斷、早期手術治療，術后近期、遠期的效果都比較滿意，這樣也就是達到了臨床治愈，但是對合并有小腸結腸炎病情嚴重者死亡率仍然很高，有些患兒基本手術后，近期大便次數(shù)增多或者是失禁，則需要較長時間的進行排便的訓練，預后是不相同的。
下面介紹一下巨結腸伴小腸結腸炎的臨床表現(xiàn)，這一種是最常見、最嚴重的并發(fā)癥，尤其是新生兒時期，其病因尚不明顯，一般認為長期遠端梗阻，近端結腸繼發(fā)肥厚擴張，腸壁循環(huán)不良是基本的原因，在此基礎上一些患兒的機體免疫功能異?；蜻^敏性變態(tài)反應體質而產(chǎn)生的小腸結腸炎。也有人認為是細菌和病毒引起的，但大便培養(yǎng)多無致病菌的生長，結腸為主要受累部位，黏膜水腫、潰瘍、局限性壞死，炎癥侵犯肌層可表現(xiàn)為漿膜充血、水腫、增厚，腹腔內滲出形成滲出性的腹膜炎?；純喝砬闆r突然惡化，腹脹嚴重、嘔吐，有時腹瀉，由于腹瀉及擴張腸管內大量的腸液、積液產(chǎn)生脫水、酸中毒、高熱、脈搏快、血壓下降，若不及時治療可引起較高的病死率。