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HLA-B27陰性通常不能排除強直性脊柱炎，在強直性脊柱炎患者當中，90%的患者HLA-B27呈陽性，但也有10%的比例呈陰性。當然，也不能因HLA-B27是陽性就診斷為強直性脊柱炎，要結合患者的臨床癥狀和實驗室檢驗檢查結果綜合判斷。
對于診斷強直性脊柱炎，有它的一些特征，如詢問患者是否出現炎性腰背痛，且年齡＜45歲，腰背痛大于三個月，以及是否有夜間疼痛加重，晨起活動后好轉的情況，還有是否有指(趾)炎、肌腱端炎，對非甾體抗炎藥治療反應良好。此外，有無強直性脊柱炎的家族史，有無C反應蛋白升高，有無影像學提示的骶髂關節(jié)炎等情況進行綜合判斷。一個疾病是內因和外因的共同結果，不能單憑HLA-B27陽性與否進行診斷。