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牙疼有很多種原因，引起每種原因的細菌也不同，常見的如下：
第一、齲病，常見的致齲微生物，包括鏈球菌、乳桿菌屬、放線菌屬。鏈球菌屬，多屬于革蘭氏陽性兼性厭氧菌，包括血鏈球菌、變形鏈球菌、輕鏈球菌。乳桿菌是革蘭氏陽性兼性厭球菌，或者是專性厭氧桿菌。放線菌屬是一種革蘭氏陽性、不具動力、無芽胞形成的微生物，呈桿狀或者是絲狀。
第二、引起牙髓炎癥的主要是兼性厭氧球菌和厭氧桿菌，如鏈球菌、放線菌、乳桿菌和革蘭氏陰性桿菌，有的還包括一些真菌。在感染的根管當(dāng)中，優(yōu)勢菌為卟啉單胞菌、普氏菌、梭形桿菌、消化鏈球菌、放線菌、真桿菌、韋榮球菌。