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單倍體造血干細胞移植是指供者和受者有一半染色體HLA抗原相同，或者來自于父親，或者來自于母親，即供者與受者的HLA位點有3/6是相合的。

一般來說，父母與子女之間HLA單倍體相合的概率為100%，同胞間單倍體相合的概率為50%，非血緣相合概率為25%以下。