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卡氏肺炎通常確診依靠病原學(xué)檢查，從呼吸道或者是肺組織標(biāo)本中檢出含有八個子孢子的包囊，是卡氏肺炎確診的依據(jù)，而未成熟的菌體內(nèi)可見2、4或6個染色呈紅色點狀小體。通常病原體的檢測方法是依靠痰液檢查，鹽水霧化、誘導(dǎo)排痰可以提高檢出率，或者是用支氣管肺泡灌洗術(shù)，也可以收集30-40mL的標(biāo)本，敏感率可達(dá)到95%-99%。而纖維支氣管肺組織活檢術(shù)，通常是明確合并其它病原體感染，對于肺炎的診斷要點是：
第一、要有器官移植和腫瘤病史，免疫缺陷和其他免疫功能低下的病史。
第二、有呼吸道感染的癥狀，表現(xiàn)為干咳、呼吸困難、嚴(yán)重的低氧血癥，提示為Ⅰ型呼吸衰竭。
第三、AIDS患者血中CD4+的細(xì)胞低于0.2×10^9/L考慮卡氏肺炎的可能性很大。
第四、肺部影像學(xué)表現(xiàn)為肺泡或者是間質(zhì)性改變。
第五、病原體檢測到肺孢子菌或者是肺孢子菌成分是診斷的重要依據(jù)。