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免疫組化結果的判定對病理診斷有重要參考價值，也影響著臨床的治療策略，所以免疫組化的判定標準較重要。免疫組化的判定標準如下：

1、做免疫組化之前會設定一個陽性對照，比如ER、PR、HER-2，如果陽性對照陽性、腫瘤陰性，表明腫瘤是真陰性；如果陽性對照陰性，表明檢測操作方法可能有誤，需要重新檢測；

2、抗原表達必須在特定部位，有些免疫組化的定位在細胞膜，有些在細胞質，有些在細胞核，所以在特定部位陽性表明是真正陽性；如果在非特定部位陽性，或者整個切片陰性，都會判定免疫組化是陰性，或者是假陽性；

3、分析其表達強度，臨床通常會用1+、2+、3+等來表達陽性強度。陰性表示沒有抗原，細胞里沒有這種抗原。1+、2+、3+分別代表細胞里抗原表達的強弱；

4、免疫組化判定的意義也不能絕對化，要參考實驗室條件、每個人的操作方法、標本的前期處理。免疫組化陰性也不要完全判定其是陰性，要結合其形態(tài)學改變，綜合判斷才能判定免疫組化操作的正確性。