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炎癥性腸炎的病因較復雜，沒有明確的病因，主要通過綜合診斷來確診，所以治療上也主要采取綜合治療措施。目前能明確的病因包括：

1、它是一種自身免疫相關的疾病，與自身的免疫紊亂有關；

2、與細菌感染有關；

3、遺傳因素，該病有一定的遺傳性及家族聚集性。