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自身免疫性腦炎總體來說預后良好，80%左右的抗NMDA受體腦炎患者的功能恢復良好，具體情況如下：

1、早期接受免疫治療和非重癥患者的預后比較好；

2、對于重癥的抗NMDA受體腦炎，患者的平均重癥監(jiān)護病房治療大約是1-2個月，病死率在2.9%-9.5%左右，少數(shù)患者完全康復需要2年以上；

3、抗LG|1抗體相關腦炎患者的病死率大約是6%；

4、抗GABAR抗體相關腦炎如果合并小細胞肺癌，則預后比較差；

5、部分自身免疫性腦炎患者在癥狀好轉(zhuǎn)或者病情穩(wěn)定2個月以后，重新出現(xiàn)癥狀或者癥狀加重，就視為病情復發(fā)，抗NMDA受體腦炎的復發(fā)率大約是12%-31.4%，可以單次復發(fā)或者多次復發(fā)，復發(fā)的間隔一般是平均5個月；對于腫瘤陰性和沒有應用二線免疫治療或者長程免疫治療的患者，其復發(fā)率比較高；

6、對于自身免疫性腦炎的并發(fā)癥，像睡眠障礙，精神異常等，在有效的免疫治療以后，也可以逐漸的好轉(zhuǎn)。所以對自身免疫性腦炎應該早期診斷、早期正規(guī)的免疫治療，堅持長期的長程的免疫治療，以減少復發(fā)，改善預后。